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2006年P(guān)iepenburg等研發(fā)的重組酶聚合酶擴(kuò)增技術(shù)(recombinase polymerase amplification,RPA),該技術(shù)可以在37~42 ℃條件下實(shí)現(xiàn)待測靶標(biāo)的快速檢測。它具有反應(yīng)靈敏度高、特異性強(qiáng)、對儀器依賴程度低且可整合多種檢測模式等優(yōu)點(diǎn),特別適用于基層和現(xiàn)場即時(shí)檢測。
RPA反應(yīng)由3種關(guān)鍵酶(重組酶Uvs X、單鏈結(jié)合蛋白Gp32以及鏈置換DNA聚合酶)、能量供應(yīng)體系(三磷酸腺苷、磷酸肌酸以及肌酸激酶)、穩(wěn)定反應(yīng)體系(Tris、醋酸鉀、高分子量聚乙二醇以及二硫蘇糖醇等)、三磷酸脫氧核糖核苷酸(deoxyribonucleotide triphosphate,dNTP)、醋酸鎂等成分組成。
RPA技術(shù)反應(yīng)原理
RPA反應(yīng)基本原理如下圖,主要包含5個(gè)階段:
(1)在三磷酸腺苷供能的條件下,重組酶輔因子(Uvs Y)協(xié)助Uvs X與反應(yīng)體系中的引物結(jié)合,形成酶-引物復(fù)合體,該復(fù)合體在反應(yīng)體系中尋找雙鏈DNA同源序列[3];
(2)在同源序列處發(fā)生鏈交換反應(yīng)形成D環(huán)結(jié)構(gòu),同時(shí)Gp32與被置換的DNA單鏈結(jié)合進(jìn)一步穩(wěn)定D環(huán)結(jié)構(gòu);
(3)Uvs X從酶-引物復(fù)合體中解離,DNA聚合酶識別引物游離的3′-OH端,添加dNTPs啟動擴(kuò)增反應(yīng);
(4)模板母鏈分離,DNA子鏈合成;
(5)兩DNA子鏈合成完畢。該過程不斷循環(huán)實(shí)現(xiàn)檢測靶標(biāo)的指數(shù)擴(kuò)增直到反應(yīng)體系中能量消耗殆盡。
重組酶聚合酶擴(kuò)增反應(yīng)原理圖
影響RPA擴(kuò)增的關(guān)鍵因素:引物和探針設(shè)計(jì)
目前,仍沒有一款專用的軟件可供用戶設(shè)計(jì)RPA反應(yīng)所需的引物和探針。RPA引物、探針設(shè)計(jì)對RPA反應(yīng)有重要影響,RPA引物長為30~35個(gè)堿基,不同引物、探針組合有不同的擴(kuò)增效率,為達(dá)到實(shí)驗(yàn)預(yù)期,進(jìn)行多次篩選是必要的。探針堿基錯配將影響擴(kuò)增效率,出現(xiàn)假陽性結(jié)果并總結(jié)了熒光檢測法探針的要點(diǎn)(熒光基團(tuán)與淬滅基團(tuán)之間1~2個(gè)堿基,盡可能降低G含量等)。
默瑞生物推出RPA引物/探針設(shè)計(jì)服務(wù)
基于多年來默瑞生物對Twistdx RPA相關(guān)產(chǎn)品的市場推廣工作,我們有多年豐富經(jīng)驗(yàn)的技術(shù)服務(wù)團(tuán)隊(duì)。應(yīng)廣大科研工作者的實(shí)際需求,推出以下服務(wù)項(xiàng)目。
客戶可根據(jù)自己需求填寫提供信息(表1),并選擇如下以下服務(wù)方案(表2):
表1:
RPA檢測方法 | |
Basic(普通電泳法)、 | |
exo(熒光定量法) | |
fpg(熒光定量法) | |
nfo(試紙條法) | |
檢測靶標(biāo)信息 |
序號 | 物種名稱 | 基因名稱 | 基因信息(NCBI登錄號) | 靶序列信息 |
表2:
方案 | 靶標(biāo) | 引物 | 探針 | crRNA | 設(shè)計(jì)周期 |
1 | 1周 | ||||
2 | 2周 | ||||
3 | 3周 | ||||
4 | 4周 |
方案1:甲方提供物種名稱,乙方提供該物種的診斷靶標(biāo)基因名稱、基因信息(NCBI登錄號)、靶標(biāo)基因序列信息;并出具電子版靶標(biāo)基因序列信息報(bào)告一份;
方案2:甲方提供物種名稱,乙方提供該物種的診斷靶標(biāo)基因名稱、基因信息(NCBI登錄號)、靶標(biāo)基因序列信息,同時(shí)乙方針對該靶點(diǎn)設(shè)計(jì)出三對引物供甲方篩選,并出具電子版引物信息報(bào)告(含引物特異性分析);
方案3:甲方提供物種名稱,乙方提供該物種的診斷靶標(biāo)基因名稱、基因信息(NCBI登錄號)、靶標(biāo)基因序列信息,同時(shí)乙方針對該靶點(diǎn)設(shè)計(jì)出三對引物和一條探針供甲方篩選,并出具電子版引物信息報(bào)告(含引物特異性分析);
方案4:甲方提供物種名稱,乙方提供該物種的診斷靶標(biāo)基因名稱、基因信息(NCBI登錄號)、靶標(biāo)基因序列信息,同時(shí)乙方針對該靶點(diǎn)設(shè)計(jì)出三對引物、一條探針和三條相對應(yīng)的CRISPR-RNA(crRNA)供甲方篩選,并出具電子版引物信息報(bào)告(含引物特異性分析);
方案5:甲方提供物種名稱,乙方提供全套的RPA或RPA-CRISPR技術(shù)服務(wù),包括診斷靶標(biāo)的基因篩選、引物和探針的設(shè)計(jì)、特異性和靈敏度實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證、實(shí)際樣品檢測及驗(yàn)證等。
交貨期:自合同生效之日起3個(gè)月內(nèi)。默瑞生物。
默瑞生物
默瑞生物創(chuàng)立以來,已經(jīng)陸續(xù)導(dǎo)入TwistDx,enzymatics,KAPA BIOSYSTEMS,BioDynami,Jackson,Echelon,ChromoTek,Nanocs,Biotechrabbit,Lee Biosolutions, magtivio等優(yōu)質(zhì)國際品牌,逐步培育成為專業(yè)用戶的選擇。
產(chǎn)品包含核酸和蛋白兩大產(chǎn)品線。
(1)核酸產(chǎn)品線提供從樣品破碎儀,核酸質(zhì)控,核酸電泳,凝膠成像,到質(zhì)粒純化Kit,快速內(nèi)切酶,T4 DNA連接酶,PCR Mix等,給您的核酸研究工作帶來方便快捷全新的體驗(yàn)。
(2)蛋白產(chǎn)品線提供從樣品處理到蛋白定性,定量,到蛋白Mark,封閉液,PBS,化學(xué)發(fā)光成像儀,產(chǎn)品做到很好,追求好的客戶體驗(yàn),是我們的理念。
代理儀器產(chǎn)品有:Leica顯微系統(tǒng),Merck Millipore實(shí)驗(yàn)室純水超純水儀及配套耗材,Roche實(shí)時(shí)定量PCR儀,Partec流式細(xì)胞儀等。
代理試劑產(chǎn)品有:TwistDx恒溫?cái)U(kuò)增試劑盒,Echelon脂類研究試劑,KAPA BIOSYSTEMS二代測序試劑, Enzymatics二代測序酶,Jackson ImmunoResearch抗體,ChromoTek熒光蛋白及抗體,Horizon Discovery測序標(biāo)準(zhǔn)品,Biomatik公司Elisa試劑盒,Nanocs PEG修飾劑,Spectrumlabs透析袋,Polysciences微球,JenaBioscience分子試劑,Lifespan Technologies硫酸葡聚糖ELISA試劑盒及抗體,Lee Biosolutions抗體,Emfret心血管研究抗體,Magtivio B.V.DNA提取磁珠,Biontex Laboratories轉(zhuǎn)染試劑,Canvax™細(xì)胞凋亡檢測試劑盒,Matriks Biotek®生物藥物檢測試劑盒,Immunostep流式細(xì)胞術(shù)抗體,F(xiàn)uller Laboratories感染性疾病檢測試劑盒,SICGEN抗體,biotechrabbit酶及抗體等。